违反公司规章制度被辞退且涉及工资扣除时，需注意以下法律风险：1.违法克扣工资风险：例如，员工因几次迟到被辞退，公司扣除其当月一半工资，但制度未规定迟到需扣如此高额工资，且无实际损失，此行为属违法克扣，员工有权追回。2.维权超仲裁时效风险：劳动仲裁时效为一年，自权利受损之日起算。如员工2023年1月被辞退扣工资，至2024年2月才申请仲裁（无不可抗力或正当理由），可能无法通过仲裁维权。
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违反公司规章制度被辞退时，公司一般无权随意扣工资，具体情况如下：1.制度不合法：若规章制度未明确扣工资条款，或未民主制定并公示，扣工资无依据，员工有权要求足额支付。2.因损失赔偿扣工资：员工违规致公司损失的，可依据《工资支付暂行规定》第十六条，按合同约定从工资中扣除赔偿，但每月扣除≤20%，且剩余工资≥当地最低工资标准。3.无损失扣工资违法：仅因违规辞退且无损失时，公司扣工资违法，员工可通过劳动仲裁维权。
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《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条赋予公司合法辞退严重违规员工的权利，但无权随意扣工资。该条款仅允许解除劳动关系，而非扣工资。根据《劳动法》第五十条，工资应按月足额支付，不得克扣。仅当员工因自身原因致公司损失时，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条从工资中扣除赔偿（需符合比例和下限要求）。因此，仅因违规辞退而扣工资缺乏法律依据，除非存在法定损失赔偿情形。
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处理违规辞退扣工资问题时，需注意以下特殊情形：1.制度条款违法：如制度规定“一次违规扣全月工资”，因违反《工资支付暂行规定》“每月扣除≤20%且剩余≥最低工资”，条款无效，扣工资不合法。2.因果关系缺失：如员工违反卫生规定，公司却扣除绩效工资，且无法证明卫生违规与绩效业绩相关，扣工资无依据，员工可要求返还。3.合法赔偿协议：员工违规致损失，双方自愿签订赔偿协议（约定金额及扣除方式）且不违法的，公司可按协议扣除工资，但仍需遵守比例和最低工资限制。

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